Học phần Hóa dược II thuộc kiến thức ngành, trang bị cho sinh viên các kiến thức và kỹ năng cơ bản, chính xác và khoa học về chuyên môn Hóa dược như các phương pháp điều chế, cấu tạo hóa học, các tính chất lý hóa của các hợp chất dùng làm thuốc, mối liên quan giữa cấu trúc hóa học và tác dụng của thuốc, các phương pháp kiểm tra chất lượng thuốc và những biến đổi xảy ra trong quá trình bảo quản thuốc. Học phần gồm có 08 chương bao gồm các nhóm thuốc: Kháng sinh, sulfamid kháng khuẩn và các quinolon, thuốc điều trị lao phong, thuốc điều trị ký sinh trùng, thuốc điều trị nấm, thuốc điều trị ung thư, thuốc chống virus và thuốc tác dụng lên hệ hô hấp.